La documentación conservada en el Archivo Central está organizada cronológicamente en su mayor parte desde 1951, año de la creación del Ministerio de Comercio, en adelante, incluyendo las áreas de actividad comunes, transversales a cualquier departamento ministerial, como la gestión de recursos humanos, la gestión económica, la inspección de servicios, la alta dirección, etc., y los fondos más específicos, propios de las actividades y competencias del Ministerio de Economía relacionadas con la ejecución de la política económica, así como aquellos fondos producidos por las unidades dependientes de la Secretaría de Estado de Comercio y que han sido transferidos a este archivo central.​

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